En dehors du FEM des montants imprécis sont affectés à la conservation de la biodiversité par les gouvernements et d'autres sources nationales de financements ainsi que par des organisations multilatérales et des sources bilatérales et régionales. On peut citer les échanges dette - nature mise en oeuvre par des ONG comme WWF à Madagascar, dans lesquels en compensation du rachat d'une partie de la dette publique un gouvernement accepte de mener des actions de conservation dans une zone délimitée. Ou encore les contrats d'exploitation entre sociétés privées et des instituts nationaux privés ou publics dont l'exemple le plus connu est celui de la firme pharmaceutique Merck avec l'institut INBIO au Costa Rica.

La Conférence technique internationale FAO de Leipzig en 1996 a reconnu la nécessité d'un fonds international pour mettre en oeuvre le Plan d'action mondial pour la conservation et l'utilisation durable des ressources phytogénétiques pour l'alimentation et l'agriculture. Les négociations portant sur l'instrument financier, qui doit être alimenté par les fonds des pays développés et faciliter la mobilisation d'autres sources et mécanismes de financements, sont étroitement liées aux discussions sur l'accès aux ressources génétiques et le partage des bénéfices.