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Substitution des variétés locales
Les développements les plus récents de l'agriculture se sont opérés au rythme de la recherche agronomique, qui a joué un rôle primordial dans l'amélioration des plantes. La sélection des variétés cultivées, traditionnellement assurée par les paysans eux-mêmes, est en quelque sorte devenue la prérogative des améliorateurs dans le modèle agricole qui s'est répandu à travers le monde au cours des dernières décennies.
Dans le domaine de la recherche agronomique, améliorer signifie généralement sélectionner la variété la plus performante pour un milieu donné et la diffuser le plus vaste largement possible dans cet environnement. Au coeur de cette notion d'amélioration réside donc un facteur d'érosion de la biodiversité, puisqu'il s'agit d'abandonner pour remplacer. L'on assiste ainsi à une substitution massive des variétés locales, que les agriculteurs abandonnent progressivement au profit de variétés améliorées généralement subventionnées par l'Etat afin de promouvoir un nouveau mode de culture. Pour une espèce cultivée donnée, l'on ne rencontre aujourd'hui plus que quelques variétés dans les agricultures fortement industrialisées. La perte des variétés locales est rarement perçue comme une réelle perte dans la mesure où l'objectif premier, l'augmentation de la productivité, a été atteint.
La variabilité interne à ces variétés a par ailleurs souvent été fortement réduite à cause de contraintes commerciales ou réglementaires qui poussent vers une uniformisation des produits.
Dans les pays du Sud, l'érosion génétique au sein des espèces est particulièrement marquée dans les régions où des méthodes de culture intensive ont été adoptées.

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